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4步找到Crispr/Cas系统gRNA与脱靶位点[Geneious]

提供于
Johnson
18-5-20 下午2:29 5,629 浏览次数
这个问题已经包含在 官方文档.

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Johnson

--Johnson--
北京沫之东生物技术有限公司
http://www.coreab.cn
2582
| 3 1 2
中国
--Johnson--
Johnson
18-5-20 下午2:30


软件参考操作4大步骤教程



了解如何在序列中查找和注释CRISPR位点,并检查基因组中的脱靶结合位点。在Geneious R9及以上版本中使用改进的CRISPR位点查找工具。

本工具geneious软件优于市面上绝大多数软件,高度智能化,且对用户友好,

Tool Name
Provider
Searches whole genome for targets搜索全基因组目标
Returns all targets of genome返回基因组的所有目标
Seed span and location can be defined种子跨度和位置自定义
Maximum number of mismatches supported支持最大的错配数量
Predicts gRNA activity预测gRNA活性
Available Protospacer adjacent motif (PAM) sequences可用的
Protospacer相邻基序PAM
序列
Annotation is reported生成报告和注释
gRNA suggestion or scoring最优gRNA建议和评分
External Link产品链接

Geneious CRISPR Site Finder
Geneious(沫之东生物)
Yes
Yes
Yes
任意数字
Yes
用户自定义
Yes
Yes
www.geneious.cn


Refer参考文献:https://doi.org/10.1038%2Fnbt.3026


本工具geneious软件是基于张峰实验室的评分算法,但是更加智能化,并保持一致,如下,

关于CRISPR.MIT.EDU

CRISPR设计工具的用途

CRISPR设计工具是一种网络工具,旨在通过以下方式简化CRISPR指南在输入DNA序列中的选择过程:(i)发现全基因组可能的非靶标,(ii)突出显示具有高靶特异性的指南,以及(iii)目标基因组中的许多或基因外源目标。

使用CRISPR设计

要使用CRISPR设计位点工具,只需:

  1. 前往crispr.mit.edu的提交页面
  2. 进入DNA序列
  3. 选择一个目标基因组,
然后点击提交。

将扫描序列以寻找可能的CRISPR指南(20个核苷酸,然后是PAM序列:NGG),并在整个选择的基因组中扫描可能的目标匹配。作业输出将显示在作业输出页面上,每个指南链接到一个非目标列表,并按照从零到100%的分数顺序呈现,粗略地表示每个指南的忠实的目标活动。

解释分数

CRISPR设计工具输出页面:

呈现查询序列中所有可能的指南的排名列表,按照100%减去目标基因组中的目标活动的信仰度排序,减去目标基因组中的目标命中分数的加权和。

显示每个指南的顶级匹配的目标命中分数,并且通过考虑错配总数,绝对位置不匹配来计算 - 以适应接近PAM站点的相对较高的不匹配干扰,以及不匹配之间的平均配对距离 - 解释中断邻近错配对破坏指导-DNA相互作用的空间影响。

单击的分数

用于评分单个目标的实际算法是:

在第一学期内,e运行在导向和非目标之间的不匹配位置,M:

代表实验确定的不匹配位置对靶向的影响。Hsu等,Nature Biotechnology 2013

而且,术语二和三分别表示错配(d的平均配对距离和高度不匹配目标的阻尼惩罚的影响。

指南汇总分数

一旦个人点击得分,每个指南都会得到一个分数:

并且根据指导质量的广泛分类进行着色,考虑到高分离目标中存在或不存在标记基因,表明在查询区域中使用特定指导用于特定目标的相对(不)有利度。

指南选择

聚合得分大于50%的指南是绿色的,并且如果没有得分偏高的目标落在标记的基因区域中(如右表所示),则应该被视为候选靶向序列。如果没有合适的绿色指南清除高分,极端目标,那么指定黄色的指南应视为具体目标的备份。红色指南在目标基因组中有很多可能的目标相互作用,应该避免。


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关于这个技术问答社区

CRISPR / Cas9系统是用于基因编辑的RNA引导核酸内切酶技术。该系统需要包含与PAM(Protospacer Adjacent Motif)位点相邻的20bp靶序列的指导RNA(gRNA),以将Cas9核酸内切酶引导至切割位点。Geneious中的Find CRISPR网站工具将搜索所选基因中的gRNA(“CRISPR”)位点,并在您感兴趣的基因组中搜索脱靶结合位点。选定序列中的每个CRISPR站点根据它可能会绑定到多少个脱离目标站点以及脱离目标站点与原始序列的相似程度进行评分。 阅读指南

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问: 18-5-20 下午2:29
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最后更新: 18-5-20 下午2:30