Welcome!

This community is for professionals and enthusiasts of our products and services. Share and discuss the best content and new marketing ideas, build your professional profile and become a better marketer together.

这个问题已经包含在 官方文档.

0

Johnson

--Johnson--
北京沫之东生物技术有限公司
http://www.coreab.cn
2582
| 3 1 2
中国
--Johnson--
Johnson
18-5-20 下午2:26

基于机器学习翻译,仅供参考。

练习4:找到配对的CRISPR位点

一种提高CRISPR / Cas9靶向特异性的方法是使用突变体Cas9-D10A切口酶以及与靶位点的相对链互补的一对引导RNA。相反链上的两个单独切口模拟双链断裂,然后导致非同源末端连接。脱靶相互作用被最小化,因为任何单个脱靶切口将通过碱基切除修复途径以更高的保真度被修复。

在本练习中,您将使用Find CRISPR Sites在LYP1 CDS上查找配对位点。选择LYP1 CDS文档(geneious的demo数据文件,可以下载)并转到克隆→查找CRISPR位点

和前面的练习保持相同的设置,除了设置速度和过滤策略慢-评分所有的位点,因为我们想进行评分所有位点的这项工作。

要找到配对的CRISPR位点,请勾选Pair CRISPR sites旁边的复选框您可以指定返回位点的最大允许重叠,以及配对位点之间允许的最大空间。位点之间的最大重叠和最大空间从CRISPR位点的5',PAM远端测量。我们将分别使用默认选项6和16。

对话框现在应该如下图所示。点击确定运行搜索。


Geneious已经注释了三对CRISPR位点。


当使用Pair CRISPR位点选项时,Geneious将只注释至少有一对位点给定位点设置之间的最大重叠和最大空间。在这些设置中没有配对的位点没有注释。

每对CRISPR位点都有一个“配对的CRISPR评分”。如果您将鼠标放在其中一个CRISPR注释上,则可以查看该位点的配对CRISPR分数。这个综合分数是两个CRISPR分数的平均值。具有最高综合得分的CRISPR位点对相关联。每个CRISPR位点都将链接到其得分最高的配对位点,除非该第二个位点与另一个位点的得分更高。这对位点根据他们的配对分数进行着色,而不是他们各自的CRISPR分数。

恭喜,你现在已经完成了CRISPR教程。完结。


随时了解最新的技术快讯

关于这个技术问答社区

CRISPR / Cas9系统是用于基因编辑的RNA引导核酸内切酶技术。该系统需要包含与PAM(Protospacer Adjacent Motif)位点相邻的20bp靶序列的指导RNA(gRNA),以将Cas9核酸内切酶引导至切割位点。Geneious中的Find CRISPR网站工具将搜索所选基因中的gRNA(“CRISPR”)位点,并在您感兴趣的基因组中搜索脱靶结合位点。选定序列中的每个CRISPR站点根据它可能会绑定到多少个脱离目标站点以及脱离目标站点与原始序列的相似程度进行评分。 阅读指南

问题工具

1 关注者

统计数据

问: 18-5-20 下午2:21
看到: 4205 时间
最后更新: 18-5-20 下午2:28