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Geneious中如何构建、操作系统发育树的步骤教程

提供于
Johnson
18-5-20 上午9:19 6,790 浏览次数

以下内容基于智能翻译,仅供参考。

系统发育树被用来推断序列之间的进化关系。Geneious可以使用距离,最大似然或贝叶斯方法构建系统发生树。本指南介绍了在Geneious中构建树并操作树查看器的基本步骤。  

在开始建造树木之前,您应该熟悉树木的构建原理以及每种方法的优缺点。下面的评论是一个很好的开始。

Molecular phylogenetics:principles and practiceNature Reviews Genetics 13,303-314(2012)。DOI:10.1038 / nrg3186

 

1.对齐你的序列

在构建系统发育树之前,您需要对齐序列。要做到这一点,选择所有的序列,然后选择对齐/组装 - >多重对齐。  该链接提供了可用算法的指南。  

一旦您对齐后,选择它并单击打开树建设选项。 

 

2.选择你的树木建造者和参数

在树木建筑选项的顶部,您会看到可用的树木构建算法。这包括内置的Geneious Tree Builder(和共识树构建器)以及您已安装的任何插件。  

treebuilding.png

Geneious Tree Builder使用Neighbor-Joining或UPGMA方法生成距离树。此外,下列插件可用于生成最大似然,简约或贝叶斯树:

PHYML - 最大可能性

RAxML - 针对大数据集进行优化的最大可能性

Garli - 最大可能性

FastTree - 极大数据集的近似最大似然

PAUP * -简约或最大似然(需要自己PAUP *的副本,无论是4.0b10版本,或4.0a149及以上来自这里

MrBayes - 贝叶斯分析

有关最大似然树型构建器的更多信息,请参阅此链接

每个树生成器都有一个用于指定进化模型和其他参数的不同接口。我们建议您查阅每个树木生成器的用户手册,以熟悉可用的选项。您也可能希望在Geneious之外使用像Modeltest这样的程序,以在构建树之前为您的数据确定最佳模型。

 

3.运行你的树

点击OK开始你的树建设。构建树所花费的时间取决于您选择的算法,对齐的大小以及您选择的参数(例如引导程序复制的数量)。距离树通常很快完成(几分钟内),但最大似然和贝叶斯树可能需要几小时甚至几天才能运行。

 

4.查看你的树

当树完成运行后,将会创建一个新的树文件并在查看器中自动打开。默认情况下,Geneious以矩形(根目录)布局显示树,即使该树没有根。圆形或放射形格式的选项可以在“ 常规” 选项卡下找到,以及“缩放”控件。  

Screen_Shot_2018-01-24_at_1.58.40_PM.png

如果您希望树根,请点击您希望指定为外群的分类群节点,然后单击Root。  要在不更改拓扑的情况下垂直翻转分类群的位置,请使用“ 交换兄弟” 选项。

Screen_Shot_2018-01-23_at_1.07.43_PM.pngScreen_Shot_2018-01-23_at_1.21.03_PM.png

查看器顶部的控件还包含用于在树上着色和设置字体大小的选项。要为整个分支着色,请选择分支基部的节点并选择颜色节点。

Screen_Shot_2018-01-24_at_1.43.26_PM.png

在树形视图右侧的控件中,您可以选择在树的顶端显示哪个字段(例如名称,描述,生物体,加入等),并启用支持值和分支长度的显示。   

Screen_Shot_2018-01-24_at_1.46.23_PM.png

要查看树的底层对齐,请单击查看器上方的“对齐视图”按钮。在树视图中进行的更改也会反映在对齐视图中。例如,如果您在树视图中着色节点,这些也将在“对齐视图”中着色。“对齐视图”中序列旁边的蓝色箭头表示这些序列链接到原始源序列。这意味着对源序列所做的任何更改(例如编辑名称)都会传播到对齐和树中,并且树上所做的任何更改都会传播回源。 

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